Embora difíceis de estabelecer, as origens do yoga estão de certa forma ligadas aos períodos principais da história da Índia:
Apesar de haver documentos que atestam a existência do yoga na época Védica (c. 4000 a.E.C.), como por exemplo no Rig-Veda, uma das escrituras mais antigas e sagradas da Índia, as primeiras alusões explícitas ao yoga encontram-se nos Upanishad mais antigos, também conhecidos por Upanishad védicos, que datam de cerca de 1500-1000 a.E.C.
Durante a era Pré-Clássica ou Épica, o pensamento metafísico e ético entrou em efervescência na Índia o que permitiu um confronto entre as diversas escolas religiosas e filosóficas (darshanas). Ao mesmo tempo, nessa época surge também uma tendência de integração de muitos caminhos psico-espirituais, particularmente de duas grandes correntes que eram, por um lado, a renúncia ao mundo, e por outro, a aceitação das obrigações sociais (dharma). Foi neste contexto que ocorreu o desenvolvimento Pré Clássico do yoga. Um exemplo da integração das doutrinas encontra-se numa das principais epopeias da Índia, o “Mahâbhârata” do qual faz parte o Bhagavad-Gîta, onde podemos encontrar inúmeras alusões ao yoga, nomeadamente ao Karma Yoga, Jñâna Yoga e Bhakti Yoga.
Por volta dos séculos III e V da nossa Era, encontramos um dos mais importantes tratados sobre o yoga, o Yoga-Sûtra que foi sistematizado por Patañjali. Este texto é considerado um texto essencial do Yoga Clássico. Outro tratado importante de yoga é o Hatha yoga Pradîpikâ (c. Séc. XIC-XV). Estes dois textos não são os únicos escritos específicamente sobre o yoga, mas são aceites como sendo textos importantes sobre o yoga hindu.
O tratado de Patañjali (Yoga-sutra) é uma das seis darshanas da Índia. Darshana significa “visão ou ponto de vista”. Essencialmente asdarshanas são pontos de vista sobre a Revelação védica, e são elementos fundamentais na filosofia clássica hindu, mas não são sistemas filosóficos segundo o padrão da filosofia ocidental. No Yoga-Sûtra, Patañjali juntou, classificou e codificou uma série de práticas ascéticas que já existiam há milhares de anos na Índia e que são hoje conhecidas por Raja Yoga. Segundo Patañjali o Raja Yoga ou yoga real é composto por oito membros ou ramos mais conhecidos por Ashtanga Yoga.
O Tantrismo ou Tantra desenvolve-se por volta de 500-1300 E.C., tendo sido rapidamente assimilado por todos os movimentos religiosos da época. A redescoberta do princípio feminino na filosofía e prática de yoga por parte do movimento tântrico em meados do primeiro milênio E.C. abriu caminho para o movimento Bháktico durante a Era Sectária. Este movimento de devoção religiosa moveu grandes comunidades sectárias, particularmente os Vaishnavas e os Shaivas.
É geralmente aceite que o início do yoga moderno começou em 1893quando Swami Vivekananda foi ao Congresso das Religiões nos Estados Unidos em Chicago. Antes de Vivekananda houve outros yogis que atravessaram o oceano na direcção da Europa, mas a sua influência em termos de divulgação do yoga foi limitada. A participação de Vivekananda no Congresso das Religiões abriu portas para outros yogis que começaram a vir para o ocidente. Após Vivekananda, o yogi com mais evidência, foi Paramahansa Yogananda que chegou a Boston em 1920 onde cinco anos mais tarde abriu a Self-Realization Fellowship.